根据制冷系统的不同，中央空调又可以分为全空气系统、全水系统、空气-水系统、冷媒式系统四种，而由于家庭和公共场所的差异，因此在系统选择上也不尽相同。
全空气系统
中央空调系统由集空气处理设备对空气进行处理(制冷或制热)，处理后的空气送至房间，这种系统称全空气系统。由于空气处理设备集中设置，便于维护管理，一般适合用于需要空调大空间区域餐厅、宴会厅、商场等，家庭比较少用。
全水系统
各空调房间内均设置空气处理设备，这就需要由央制冷机组制出低温冷冻水(或采暖热水)送至各房间。一般用于房间较多并且使用时间尽相同场合酒店客房、KTV、小会议室、饭店包间等等，其维护及管理相对有难度，水管室内走管也存在漏水和凝结水隐患。
空气-水系统
介于1和2之间,即大空间用全空气系统,小房间用全水系统,灵活性高,是目前用得最多的中央空调系统，如冷水机组加风机盘管系统，就非常常见。
冷媒式系统
我们平常说的分体机、多联机(一拖多)之类的中央空调，与普通中央空调区别在于它制冷介质是冷媒(即氟利昂)而不是水，换热效率高、节能性好、局部吊顶空间影响小、无漏水隐患，用在家用、及小型商用场合较多。