机房空调所控制的环境基本上都有四季恒定的热源，而恒温恒湿空调的目标环境就没有这样的前提！这会导致在配置整机的加热单元时有所侧重，一般恒温恒湿机会配置多一些级数和功率的电加热，保证其不仅能够消除系统除湿时对温度的影响，并且在此基础之上还能对房间温度有所控制！
另外两者目标环境的不同还会导致设计空调控制逻辑的时候还会有一个温度优先还是湿度优先的一个选择！
例如：在低温高湿季节。温度设定为22℃±2℃、湿度设定为50％RH±5％RH，现场温湿度为18℃/80％。此时系统应打开压缩机除湿并且开启电加热补偿，如果除湿导致温度下降超出温度允差下限值，并且电加热补偿不足以将房间温度补偿回设定值，而房间湿度仍高于设定允差之上限时，恒温恒湿空调和机房空调在此时便会存在一个温度优先还是湿度优先的选择。作为机房空调一般选择是温度优先，也就是说此时应该关停压缩机等温度上升至设定范围内再行除湿操作。而恒温恒湿机则应该依照目标环境的要求来作出选择了。当然，机房空调若能不顾成本的增加电加热配置，也许就不存在这种问题了，但厂商都是逐利而行，怎会无缘无故的增加成本？？
空调除湿都是开启压缩机，改变系统显热比来实现除湿的，制冷状态下机房空调显热比要求在95％以上（也有厂家说他们的显热比能到1的，估计测试取值时的温度高的很），除湿状态下显热比也就是控制在40％～70％（回风温度下降显热比也会下降）也就是说系统在除湿操作中仍然有40％～70％的冷量被浪费在对空气降温当中！！！此时如果目标环境是机房且选型正确的话，那么机房内的设备发热基本足以抵消空调除湿所产生的显冷量。可如果是在一些实验室检测房等没有热源的场合呢？就需要进行再热补偿，简单的实施办法就是配置电加热补偿。
这里再来说说复杂的办法！
办法一：不得不说还是日本的帐算的经济（资料显示HIROSS也有类似设计，但未在国内看到过）。大体原理是这样的，在蒸发器之后再增设一段冷凝盘管并加以控制，利用冷凝器发出的“废热”来补偿因除湿产生的显冷对环境温度带来的影响。这样做的好处可就多了，首先就是节能，而且是在除湿能力不下降的基础上节能，严格来说内机外机都会因此而降低能耗的！然后除湿效率也会因此增加不少！机组的温湿度控制专业度也会因此得到比较大的提升！当然这个办法也有些弊端。首先，技术上要说不能实现那是笑话，但要说很容易实现那也是吹牛！其次，由此带来整个系统设计变更的成本，比如风系统、冷媒系统上各个单元零件配置成本的增加，还是要花一些银子的。目前三菱重工的一些机型上就有类似的设计。
办法二：利用变容量压缩机配合多段控制的蒸发器来实现重复耗能的降低。注：这项技术已经被上海约顿机房设备有限公司申请了专利。（当时是我写的此专利的技术说明）大体是这样，通过改变制冷系统的总容量来降低除湿时的显冷量，只要将此时的显冷量降到低于设备配置的热补偿功率即可实现专业密控制湿度且不增加重复耗能。并且实施起来相对技术难度和实施成本要比办法一经济一些。诚然，这样的办法会导致系统除湿能力的下降。但凡是对温湿度有较高要求的场所，其空间密闭肯定是有保障的，空间密闭了，除湿能力下降也就无碍大局了，无非就是慢慢除呗，但能耗是确实降下来了。
总体上恒温恒湿空调是大类，机房专用空调只是其中的一个分支。在对目标环境（机房）作了较全面的分析之后，将其功能单元配置作出针对性优化设计的产物。从以下几个方面的不同要求便可以推演出一些设计上的变化来。
运行时间：
机房空调：全年24小时不间断运行。这便对机房空调的能耗有了较高的要求，要知道整机某工况下的能耗1个KW的区别放大到一年是多少使用成本的区别？？由此发展来的机房空调必须要求大风量小焓差、高显热比。高能效比！
恒温恒湿空调：不确定。唯一可以确定的，是温湿度的控制专业度，甚至很多时候不惜牺牲能耗来保证其控制专业度。在此类设计中，专业度是前提，节能便只能退而求其次了。
负载特性：
机房空调：其热负荷大多来自电子设备发热，因此都是显热负荷（没听说电子芯片会喷水的）。并且电子设备的最佳工作环境是一个比较固定的区间。密闭的机房中，由于全年运行，因此受外部四季环境的影响应该不如其他环境那么大。另外机房那么多。。。这就导致可以将机房空调设计成专用产品而进行批量生产，其他比如湿度控制的区别在刚才就有所阐述。显热负荷大，就要求显热比高咯。
恒温恒湿空调：它的负载特性就海了去了，有的场合要求低温高湿，有的高温高湿，高温低湿。。。不胜枚举啊，只要是要求受控环境温湿度指标恒定在某一值上的空调就都算恒温恒湿空调。这么一说大家也明白了，实在没有一个定式可以遵循，更不用说针对性的进行设计优化了。也正因为其负载的多样性，导致单元配置、运行逻辑各有千秋，其本身就无法仔细归纳，因此也就更别说和其他作比较了。事实上机房空调就是机房专用的恒温恒湿空调。