首先，应用对象不同。机房专用空调就是为机房设备提供恒温恒湿的运行环境的，而民用空调都是直接服务于人的。它们的设计理念和功能都完全不同。设计理念最大的区别在于，机房专用空调是大风量，小焓差，高显热比；民用空调刚好相反，是小风量，大焓差，低显热比。显热比的概念是指空调降温与除湿两种制冷量相对之比。通常情况下，一台空调的总制冷量有两部分，一部分用于降温，称为显热制冷量，还有一部分用于除湿，称为潜热制冷量。一台民用空调在应用时60%多的制冷量是在降温，剩下30%多的制冷量是在除湿。民用空调为了保证低噪音，低风量，舒适度，不得不除湿。机房专用空调的显热比都会在0.9或0.9以上。民用空调不适合在机房使用的原因之一就是机房是没有湿气来源，一方面是因为机房密封性好，再就是机房设备不会像人一样发出水蒸气，而人通过呼吸和经由皮肤的汗液挥发都会产生水气。
第二个区别是机房专用空调的风量会很大。比如，我们在IDC机房里空气的循环次数会达到30次左右，即每两分钟对机房的空气处理一遍。民用空调的风量则会很小。这是因为机房的高热量需要大风量循环，类似民用空调的小风量，设备的高热量是不可能通过快速循环的风速带走的。民用空调的小风量和噪音设计则是考虑了人的舒适度。
第三个区别，机房专用空调的出风温度比民用空调要高。机房专用空调的高出风温度可以避免凝露，而民用空调的出风温度低，有时会在设备上造成凝露，危害设备的正常运行。另外，民用空调没有加湿功能只能除湿，但是专用空调可以根据机房的具体需要给予适当的加湿。
第四点就是高专业度的区别。因为技术上的控制手段不同，机房专用空调温湿度控制可以达到±1℃，±1%RH的高专业度，以及更高的洁净度等。在北方地区则可以适合各类低温运行，在零下30多度，仍旧可以通过一些选件正常的为机房制冷控温。机房的特点冬天、夏天没有本质的区别，冬天机房同样需要制冷。而民用空调在零下30摄氏度的环境下基本没有办法实现正常工作。