安装困难
太阳能热水器是通过吸收太阳的热量来对水加热的，利用的是清洁能源，也因此在安装上有一定的限制。太阳能热水器必须要安装在阳光能直射的地方，一般安装在屋顶。现在的高层住宅越来越多，无法为用户提供充足的空间去安装太阳能热水器，这也成为制约太阳能热水器发展的因素之一。
受天气限制
太阳能热水器在阴雨天或者是冬天的时候，无法正常的使用。阴雨天没有太阳光，冬天即使是晴天，太阳的光线较弱，不能够把水加热，而冬天又是热水需求量最多的时候。因此在天气状况不佳的时候，就需要使用电辅助加热，或者其他提供热水的方式。
热水忽冷忽热
洗浴时太阳能热水器出来的水，有时候水温会忽冷忽热。用户在使用前需要进行水温的调试，把水温调到最佳温度。如果家里有老人或小孩的，要更加注意了，提前把水温调好。
